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医学系研究科(博士課程)は、専門知識の習得と理解のために3専攻（機能構築医学、分子情報制御医学、社会環境病態医学）16部門より構成されている。それぞれの部門は関連する複数の授業科目から構成され、複数の基礎系・臨床系の講座が担当し、講義・演習・実習から選択できるようになっている。

学生が自らの研究テーマ及び博士論文テーマをもとに研究を進めるために最も有用な授業（講義・演習・実験・実習）を選択できるようにしている。応用力を培うために少人数教育をおこない、対話・討論型の講義、演習、実習となっている。また選択科目の授業科目は学生の多様なニーズ、学術の発展動向に配慮しながら、年々増加・充実させている。高度な専門知識と同時に豊かな人間性に基づく倫理観を兼ね備えた研究者を育成するために、臨床研究を主体に倫理観・社会的責任に関する講義を研究総論で講義している。教育指導は、英文での博士論士の作成に最大の重点を置いている。