薬務室の主な業務は医薬品の管理です。医薬品の管理には、品質を管理する業務と、経済的な面も含めた数量を管理する業務があります。医薬品の購入時や保管時の適正な管理によって、品質と在庫量を確保し、院内の需要に対し迅速にその供給を行っています。これらの業務は発注から、入庫・出庫に至るまで全てコンピュータ化され、採用医薬品約1600品目についてのデータを検索・抽出処理することが可能です。

病院内の各部門から請求された品目を集約して発注を行い、納品検収の後、薬事法・日本薬局方等に則った管理方法によって、厳密かつ厳重に保管管理しています。また、医薬品購入額は病院の経営にも影響を及ぼしますので、経済性も考慮した在庫管理を行っています。

これらの医薬品はコンピュータ入力された請求によって、薬剤部調剤室・注射薬補給室・製剤室に払い出されます。同様に、診療科外来・病棟・中央診療施設で使用する処置用医薬品（消毒薬・治療補助薬・検査診断薬・眼科用剤・吸入薬・注射用蒸留水・生理食塩液など）においても、コンピュータ入力された請求によって払い出しています。